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Bereits 1890 gründete er die schweizerische Versuchs- und Lehranstalt für Obst-, Wein- und Gartenbau. Er war fest entschlossen, die Vorzüge verschiedener Rebsorten miteinander zu verbinden um den damals wenig erfolgreichen Weinbau am Bodensee aufzuhelfen. Der Geniestreich gelang ihm mit Sämling Nr. 58, von dem er 1894 die ersten beiden Reben pflanzte, die er anschliessend systematisch vermehrte.
Zu Anfang glaubte man an eine Elternschaft von “Mutter” Riesling und “Vater” Silvaner (deshalb mancherorts auch Rivaner genannt). Aber selbst Hermann Müller war sich nicht sicher. Die Kreuzung jedenfalls liess sich nie wieder nachvollziehen. Erst mehr als 100 Jahre später konnte man dank der Genetik die Abstammung klären. Die Riesling-Mutter blieb bestehen, statt dem Silvaner wurde jedoch die Gutedel - Rebe als Vater erkannt.
Der neue fruchtig-elegante Wein eroberte davon unabhängig die Welt. Ausser in ganz Europa wurde der Müller-Thurgau auch in Japan, Neuseeland und den USA zur erfolgreichsten Neuzüchtung des 20. Jahrhunderts. In Deutschland war es zeitweise die meist angepflanzte Rebe.
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